L’église, dédiée à Saint Pierre occupe une position isolée entre le bourg et le village de Veret . Elle fut construite entre 1839 et 1841 dans le style sarde néo-classique.L’église fut construite entre 1839 et 1841 dans le style sarde néo-classique.
Tandis que les paroisses voisines de Nernier, Yvoire et Excenevex dépendent de l’abbaye de Filly, celle de Messery relève du chapitre de St Pierre-de-Genève et paraît ne disposer que de faibles revenus.
Dès le XV siècle, on y trouve une confrérie du Saint-Esprit. La population est alors de 30 feux qui s’élèvent à 40 en 1518 et à plus de 50 à la fin du XVI siècle. Il en résulte un mouvement d’émigration dont on constate l’amorce à la fin du siècle précédent.
Lors de l’occupation bernoise, Nernier, jusque là filleule d’Yvoire est rattachée à Messery en 1540 et le restera jusqu’en 1793. Au départ des occupants, cette dernière est une des trois paroisses autorisées à conserver un ministre réformé.
En 1589, en pleine guerre religieuse, le baron d’Hermance, gouverneur des Allinges l’autorisa à continuer de célébrer le Cène, de prêcher et de baptiser, mais les chroniqueurs précisent : « il n’y a point d’exercice en tout le baillage que là ». De ce fait, le village fut épargné par les troupes genevoises qui désolèrent alors le Chablais.
De même, après la mission de St François de Sales, les paroisses de Messery et de Nernier composées en majeure partie de bateliers et de pêcheurs, marquèrent quelque répugnance à abjurer et, avec Yvoire, furent parmi les dernières à se convertir. Le comportement de la noblesse locale ne pouvait que les encourager dans cette attitude.
Accès libre.