Si l'église primitive est mentionnée dans un document du XIIIe siècle dans une bulle du pape Innocent IV (1250), l'édifice actuel installée et construit au bord du lac en 1840 lors de sa séparation avec celle de Messery.
Le patronage de Saint Martin qu’invoque l’église de Nernier, laisse supposer une origine ancienne. Elle n’apparaît pourtant pour la première fois qu’au XIII siècle, dans une bulle du pape Innocent IV (1250) qui la place sous la dépendance de l’abbaye de Filly.
Elle est, en outre « filiale » d’Yvoire. Tout au long du XV siècle, les deux paroisses dénombrent de 30 à 40 feus, chiffre qui s’élève à 61, dont 25 pour Nernier en 1518.
Pendant l’occupation bernoise, l’église de Nernier fut rattachée à Messery à laquelle elle restera unie jusqu’en 1793. L'édifice est reconstruit en 1840 et installé au bord du lac.
Lors de la conversion du Chablais par St François de Sales, Ne Maurice de Brotty, qui était colonel de chevau-légers, préféra s‘exiler à Noyon plutôt que de se soumettre à l’édit d’Emmanuel Philibert obligeant à l’abjuration. Marguerite de Brotty, dame de Nernier, n’abjura qu’à son lit de mort en 1648 à l’âge de 75 ans.
Quant à la population, beaucoup ne se soumirent que du bout des lèvres ; selon une tradition locale, lorsque l’église fut interdite au culte réformé les habitants construisirent un temple en planches sur le terrain de l’Uche du Crôt, à proximité de l’endroit où s’élève actuellement la chapelle de Notre dame du lac.
Les travaux ont permis la découverte de tombeaux de la période antique
En janvier 1814, Nernier dut héberger pendant une quinzaine de jours une colonne d’Autrichiens. Pendant les Cents-Jours, Lamartine y séjourna chez un batelier « qui avait pour toute famille une fille de 25 ans qui tenait son ménage ».
Une petite tannerie fonctionna à Nernier au cours du XIX siècle, elle cessa son activité en 1954.
Accès libre.